A história começa em 1996, mas tem um hiato de 11 anos. Foi na segunda metade da década de 90 que o profissional iniciou sua trajetória no futebol, como auxiliar no próprio Náutico. Antes de assumir a função de técnico do clube, em 2007, ele passou por algumas equipes pequenas do interior de São Paulo. Quando recebeu o convite para comandar seu clube do coração na Série A, o pernambucano encarou seu primeiro grande desafio na carreira. Pegou o time na nona rodada, na 19ª posição. Formando uma equipe ofensiva e contando com a fase excepcional do uruguaio Acosta, autor de 19 gols na competição, Roberto Fernandes livrou o Timbu da queda, terminando em 15º. Em 30 jogos, venceu 13, empatou cinco e perdeu 12 - aproveitamento de 48,8%.
Em 2008, após uma saída para o Atlético/PR, Roberto retornou ao Náutico na vaga do técnico Pintado. Quando ele chegou, o time era 17º. Após o fim do torneio, o Alvirrubro ficou uma posição acima, o suficiente para garantir presença na elite do ano seguinte. Em 20 jogos, foram seis vitórias, oito empates e seis derrotas (43,3% dos pontos conquistados).
Após impedir a queda do Náutico à Série B por dois anos seguidos, Roberto Fernandes completou a “tríplice coroa dos salvamentos” em 2010. Desta vez, chegando para comandar o clube na Segundona, livrando os pernambucanos da Série C - situação que pode se repetir em 2017. A equipe não estava na zona de rebaixamento, mas a queda da 1ª até a 11ª posição com o então técnico Alexandre Gallo acendeu a luz de alerta no Alvirrubro. Com medo de que a derrocada terminasse na zona de rebaixamento, os dirigentes apostaram no retorno de Roberto. Em 11 partidas, foram quatro vitórias, dois empates e seis derrotas. Foi a pior estatística do técnico (38,8%), mas o suficiente para evitar o pior.
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