No período em que trabalhou no Náutico, Roberto Fernandes comandou a equipe em 104 partidas com 47 vitórias, 25 empates e 32 derrotas. Inclusive, é o treinador com o maior número de jogos pelo Timbu na história da Série A do Campeonato Brasileiro.
Além do Alvirrubro, o comandante também passou por Linense/SP, Londrina, Guaratinguetá/SP, Anapolina/GO, Ceará, Vila Nova, Santo André, Ituano, Brasiliense, Atlético-PR, Figueirense, Fortaleza, Paysandu, América/RN, ABC, Remo, Capivariano, Paraná e Confiança/SE.
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